A diferencia de las ciencias profanas donde el sujeto siente estar conociendo al objeto y operando sobre el, dama alquimia comprende a sujeto y objeto como la unidad estructural del sentido.El sujeto es el mismo objeto del conocimiento y su operar sobre el, auto transformación, ese es uno de los múltiples sentidos de nuestra autofaga serpiente, donde conocer y operar, sujeto y objeto, son distinciones intercambiables de un solo proceso.
Nuevos campos potenciales de percepción y de acción van poniéndose a disposición del artífice en la medida en que este a través del estado negativo de su mente se sumerge en los flamantes paradigmas que antes ocultaban la concepción dual y lineal del mundo.
La aparente contradicción en cuanto al método que nuestros autores clásicos parecen expresar, son las distintas adaptaciones materiales que el espíritu de la obra cuaja en las diversas personalidades, lo que el alquimista capta como ciencia invariable de principios fijos y determinados es este mismo espíritu que permanece uno e inalterable en todos ellos.
El hijo de Hermes va en busca de una sustancia regeneradora a la que según su grado de madurez y densidad designa como su medicina, elixir o piedra. Partiendo de una materia originaria y sometiéndola a distintas operaciones a través de diversos agentes, va transformando su sustancia hasta que esta adquiera el grado de eficacia requerido.
Nuestra ciencia es un conocer y un operar en el mundo, sometidos como cualquier mortal a la criba de la prueba y el error, vamos recorriendo un camino que en la medida de nuestra entrega y seriedad se nos presenta como auspicioso o desafortunado, en cuanto el agente va madurando, se le hace obrar en la sustancia física, es decir, en el propio cuerpo del alquimista. Lo concreto actuando sobre lo concreto como catalizador y detonante.
No existe en cuanto al método utilizado, secreto que se guarde adrede, la naturaleza del procedimiento por su misma índole, se sustrae al poder descriptivo del artifice, mas aún los intentos de descripción que el hace son un movimiento de la razón por intentar captar e integrar un proceso que le es muy superior y por así decir de la naturaleza misma.